1994 wurde der Biogarten als Teil eines ABM-Projekts auf ungenutzten Wiesenflächen ins Leben gerufen. Die Gemeinde Prieros und das Volkshochschul-Bildungswerk König Wusterhausen waren die Initiatoren. Ein Jahr später, 1995, wurde der Garten offiziell als öffentlicher Schau- und Informationsgarten eröffnet.

Das Hauptziel bestand darin, durch den Garten und verschiedene Veranstaltungen ein Bildungsangebot zum Thema “Biologisches Gärtnern” anzubieten. Die Hauptzielgruppen waren zunächst Kleingärtner, Kinder und Jugendliche. Im Laufe der Zeit wurde der Fokus auch auf generationsübergreifende Familien erweitert.

Der Biogarten wurde kontinuierlich ausgebaut und entwickelte sich zu einem Zentrum für Naturkunde und Umweltbildung. Im Rahmen der UN-Dekade für Bildung für nachhaltige Entwicklung wurde eine Zukunftswerkstatt ins Leben gerufen. Diese beschäftigte sich 2008 damit, wie der Biogarten als Umweltbildungsstätte für Kinder, Jugendliche und erwachsene Garten- und Naturfreunde fest etabliert werden kann. Als Ergebnis wurden Kontakte zur Fachhochschule Eberswalde aufgenommen, um Fachpersonal zu finden, das Inhalte wie Naturerfahrung an Multiplikatoren, wie beispielsweise Erzieher im Vorschulbereich, vermitteln kann. Außerdem wurde eine engere Zusammenarbeit mit dem Naturpark Dahme-Heideseen in Betracht gezogen.

Der Biogarten wird heute von einem Trägerverein getragen, der sich aus dem Kreisverband der Garten- und Siedlerfreunde Dahme-Spreewald, der Volkshochschule Dahme-Spreewald und der Gemeinde Heidesee zusammensetzt. Seit 2015 ist der festangestellte Gartenbauingenieur Franz Heitzendorfer für die gärtnerische Leitung verantwortlich. Der Biogarten verzeichnet durchschnittlich 5000 Besucher pro Jahr (Stand 2013/14).

Im Juni 2020 wurde eine neue Kooperationsvereinbarung zwischen dem Träger des Biogartens, der Gemeinde und dem Landkreis unterzeichnet. Diese Vereinbarung sieht eine erhebliche Erhöhung der finanziellen Förderung vor, um die konzeptionelle Weiterentwicklung des Gartens zu gewährleisten. Ziel ist es, die Zusammenarbeit mit Schulen auf Kreisebene auszubauen und vermehrt Bildungs- und Kulturveranstaltungen in Zusammenarbeit mit der Volkshochschule Dahme-Spreewald durchzuführen. Susanne Rieckhof, Vize-Landrätin und Schuldezernentin des Landkreises Dahme-Spreewald, betont: “Der Landkreis möchte den Biogarten als einen Lernort für die Zukunft stärken. Umweltbildung ist eine wesentliche Voraussetzung auf dem Weg zu einer nachhaltigen Gesellschaft.”